A. clarkii có chiều dài cơ thể tối đa được ghi nhận là 15 cm[4]. Loài này là có nhiều biến thể kiểu màu khác nhau, nhưng thường được biết đến là màu đen với các vùng màu cam trên đầu, bụng và các vây. Các vùng màu đen sẽ lan rộng hơn khi chúng phát triển thành cá cái. Có 3 dải sọc trắng trên đầu, giữa thân và gốc vây đuôi. Vây đuôi màu vàng hoặc màu trắng viền vàng (đối với cá đực)[5].

Cá đực và cá con trong phạm vi đều có màu vàng cam và chỉ có hai sọc trắng phía trước, nhưng cá cái trưởng thành ở Vanuatu và Nouvelle-Calédonie vẫn có thể giữ lại màu sắc của cá đực[5]. Ngoài ra, những cá thể A. clarkii sống cùng với hải quỳ S. mertensii lại có màu đen hoàn toàn (không có màu cam), ngoại trừ các dải sọc trắng, mõm màu trắng nhạt và đuôi có màu vàng/trắng[5].

Cuống đuôi của Amphiprion latifasciatus và Amphiprion chrysopterus không có sọc trắng như A. clarkii, và đuôi của A. chrysopterus có màu trắng, trong khi đuôi của A. latifasciatus lại xẻ thùy[6]. Đuôi của các loài Amphiprion chrysogaster, Amphiprion fuscocaudatus và Amphiprion tricinctus có màu sẫm. Sọc trắng giữa thân của Amphiprion allardi hẹp hơn so với A. clarkii[5].

Số gai ở vây lưng: 10; Số tia vây ở vây lưng: 15–16; Số gai ở vây hậu môn: 2; Số tia vây ở vây hậu môn: 13–14[4].